蓮立葉出現後進入開花期，隨著溫度逐漸升高，危害蓮花的害蟲密度也逐漸爬升。其中，又以取食葉片的小黃薊馬、夜蛾類及毒蛾類危害特別嚴重。為確保蓮子之收成，臺南區農業改良場籲請農友提早進行病蟲害防治。
　　小黃薊馬蟲體細小，喜歡躲藏在縫隙間，蓮葉在未展開前，最適宜其躲藏及危害，常造成展開之新葉皺縮。當薊馬密度高時，會造成葉片褐化、捲曲，蓮蓬也會受害，影響蓮子的產量及品質。因此應注意田間蓮葉是否有薊馬活動或發生皺縮情形，及時施藥防治，以控制薊馬密度，防止其大量發生危害蓮蓬，避免嚴重損失。防治時以動力噴霧器進行藥劑噴灑，露水乾後將藥液噴至葉背及葉柄等害蟲棲息處，避免直接噴施於蓮子，每隔7天施藥一次，可確保防治效果。葉上如發現有斜紋夜蛾或毒蛾啃食時，可同時防治，或另以蘇力菌防治。藥劑防治請參考植物保護資訊系統(https://otserv2.tactri.gov.tw/ppm/)，搜尋「蓮」之登記藥劑。用藥時應依標示使用，並嚴格遵守安全採收期。農友若有用藥等相關問題可與本場植物保護研究室聯絡。
　　除防治薊馬、夜蛾類及毒蛾類外，同時可將藥劑加入配置好之亞磷酸中和液(亞磷酸與氫氧化鉀1比1混和)，將中和液當成水來稀釋殺蟲劑使用，以增加植株對水生真菌類的抗病力，如蓮莖腐病。由於亞磷酸為強酸、氫氧化鉀為強鹼，配製時須先秤好相等重量，分別先溶於水中，再混合使用。或者先溶解亞磷酸後、再溶解氫氧化鉀。切不可將兩者同時加入水中，或將兩者混合，再加水稀釋。使用方法為葉面噴佈800倍稀釋液(100公升水中加入125g亞磷酸與125g氫氧化鉀，即為800倍稀釋液)，每週施用1次，連續3次後隔1個月再施用3次，調配當日使用效果較好。亞磷酸+氫氧化鉀中和液被植物吸收後可誘導健康植株的系統性抗病，主要目的為預防，無治療效果。