有關媒體報導「農業發展條例修正，免繳農業用地變更回饋金，花東全刪，有違原住民轉型正義」一文，農委會澄清，本次直轄市、縣(市)政府檢討轄內免繳交回饋金之偏遠地區鄉鎮，係由下而上，由各直轄市、縣(市)政府依據其轄內發展現況，剔除人口密集、交通完善、觀光產業發達、屬重要農業生產區域等不具「偏遠」性質之鄉鎮，認定此等農地仍應繳交一定之農業用地變更回饋金，該會予以尊重。

地方政府務實檢討偏遠地區，落實回饋精神

　　農委會強調，近年基於氣候變遷及糧食安全考量，農業用地變更回饋金之定位已轉為具有降低變更使用或轉用誘因之政策引導功能，復因內政部公告之「全國區域計畫」亦納入農地變更應負擔較高回饋義務之處理原則，故針對原本申請農業用地變更作非農業使用，得免予繳交農業用地變更回饋金之鄉鎮，基於「取之於農地，用之於農業」原則，由各直轄市、縣(市)政府務實檢討，將已完成相關建設或發展完備等鄉鎮，調整修正為不具偏遠地區性質，換言之，在該鄉鎮申請開發使用農地，應繳交一定金額之回饋金，以回饋農業發展、農村建設及農民福利等，不僅可確保農地資源維護，亦符合公平正義原則。

偏遠地區之檢討不影響原住民族權益

　　農委會強調，為保障原住民族權益，已與原住民族委員會達成共識，針對原住民保留地之開發利用，可於其法令明定得免予繳交農業用地變更回饋金之規定，此與原住民轉型正義未有扞格。