為協助有機農業專區及集團栽培區場區規劃、整地、改善農路、灌排水設施、蓄水池、綠籬、環境綠美化等基礎環境工程，農糧暑特訂定「有機農業專區環境改善公共工程補助原則」，提供工程補助，以協助相關團體提高經營效率。

 　申請者若為縣市政府承租台糖土地設置有機農業專區，或是退輔會農場自行規劃的有機農業專區，專區面積需達10公頃以上；若為有機集團栽培區，則農地需毗鄰十公頃以上，且每一處農地毗連面積需達5公頃以上，方可進行申請。納入的補助工程項目範圍有：專區大地工程規劃、整地、農路、灌溉/排水改善、公共設施、水電工程等11大項。

　補助額度依補助基準核算，直轄市、縣（市）政府、退輔會農場最高補助百分之九十，農民團體最高補助百分之五十。施工前請依有關規定申請土地變更編定或容許使用 ，並檢具證明文件，詳細相關申請作業可上農糧署網站查詢。